Il risultato tuttavia è interessante non solo perchè può dare un senso all'effetto quasi pavloviano della tazzina mattutina, ma anche per implicazioni su scala più ampia: quali profumi ed aromi possono produrre effetti analoghi e con quali ricadute sul nostro organismo? Quali pool di geni sono modulati a livello cerebrale dalla percezione olfattiva e quali processi mediano? La capacità di influenzare l'espressione genica da parte di sostanze assorbite per via olfattiva è inoltre estremamente rilevante per approfondire meccanismi d'azione sin qui poco esplorati. Penso ad applicazioni come l'aromaterapia o all'influenza dei profumi e delle essenze sul comportamento umano, suggerendo che la genomica e la proteomica possano avere diverse risposte da dare su questi argomenti sino ad ora esplorati secondo diverse interpretazioni.

Certo, una delle prospettive applicate suggerite dai ricercatori è orwelliana a dir poco e da veri giapponesi workaholic: insufflare l'aroma del caffè nelle fabbriche per facilitare la veglia dei lavoratori, senza interrompere le attività per la pausa-caffè.

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Effects of Coffee Bean Aroma on the Rat Brain Stressed by Sleep Deprivation: A Selected Transcript- and 2D Gel-Based Proteome Analysis
Han-Seok Seo, Misato Hirano, Junko Shibato, Randeep Rakwal, In Kyeong Hwang,Yoshinori Masuo
J. Agric. Food Chem., 56 (12), 4665–4673, 2008.

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The aim of this study was 2-fold: (i) to demonstrate influences of roasted coffee bean aroma on rat brain functions by using the transcriptomics and proteomics approaches and (ii) to evaluate the impact of roasted coffee bean aroma on stress induced by sleep deprivation. The aroma of the roasted coffee beans was administered to four groups of adult male Wistar rats: 1, control group; 2, 24 h sleep deprivation-induced stress group (the stress group); 3, coffee aroma-exposed group without stress (the coffee group); and 4, the stress with coffee aroma group (the stress with coffee group). Reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis of some known genes responsive to aroma or stress was performed using total RNA from these four groups. A total of 17 selected genes of the coffee were differently expressed over the control. Additionally, the expression levels of 13 genes were different between the stress group and the stress with coffee

Análise proteômica é uma exaustiva técnica analítica para análise de proteínas, sendo realizada principalmente por ESI-LCMS ou MALDI-TOFMS. Muitas proteínas e peptídeos estão presentes em quantidades diminutas, sendo necessário o aumento a sensibilidade provida pelo espectrômetro de massas. Por esta razão, há uma grande demanda por front-end HPLC estáveis que possam suportar micro-vazões.

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El secret es troba en les proteïnes...

"Mediante la investigación en genómica se ha conseguido secuenciar el genoma de diversos organismos, incluido el ser humano. Pero al igual que un arquitecto o un ingeniero que necesita de albañiles y/u obreros para llevar a cabo sus proyectos, los genes necesitan de las proteínas para poder desarrollar su potencialidad. Por tanto, las proteínas son los obreros de la ingente obra que es el metabolismo celular. Una vez conocidos los genes, los científicos han necesitado saber cuáles son activos y cuándo, cuáles prevalecen sobre otros, cómo se transmite su información, etcétera. Gracias a eminentes científicos como nuestro querido Severo Ochoa, se demostró que la información que está contenida en los genes se traduce en proteínas. Saber qué proteínas hay en cada célula es conocer cómo funciona ésta y cómo se regulan sus genes. Eso nos permite investigar cómo responden las células en determinadas circunstancias de anormalidad; esto es, en situaciones patológicas como en enfermedades generadas por disfunciones o por infecciones por patógenos, en casos de estrés, de envejecimiento, de desarrollo, de nutrición deficiente, y otras. Significa eso que la proteómica nos acerca al verdadero funcionamiento de la célula".

Veure article de Palma Martínez.

Todo este cúmulo de técnicas, descubrimientos, metodologías, etcétera, ha generado un glosario que ha dado lugar a nuevas lenguas que raramente permiten la comunicación fluida entre científicos de distintas áreas y entre éstos y la sociedad. En muchos casos, la mayoría diría yo, la dificultad en el empleo de los vocablos no se corresponde con los conceptos que encierran que, por lo general, suelen ser bastante sencillos.

Así ocurre con la proteómica que, sin dejar de ser un palabro como reza el título, tiene un significado bastante simple. La proteómica consiste en el estudio de las proteínas de los seres vivos: su identidad y las interrelaciones entre ellas. El desarrollo de este campo de la biología implica una serie de aparatos y técnicas que ayudan a conocer el contenido proteico de las células. Al igual que la explosión que tuvo hace unos años la genómica, como estudio de los genes de los organismos vivos, la proteómica es hoy en día una herramienta fundamental para el progreso de la biología y la biomedicina.

Mediante la investigación en genómica se ha conseguido secuenciar el genoma de diversos organismos, incluido el ser humano. Pero al igual que un arquitecto o un ingeniero que necesita de albañiles y/u obreros para llevar a cabo sus proyectos, los genes necesitan de las proteínas para poder desarrollar su potencialidad. Por tanto, las proteínas son los obreros de la ingente obra que es el metabolismo celular. Una vez conocidos los genes, los científicos han necesitado saber cuáles son activos y cuándo, cuáles prevalecen sobre otros, cómo se transmite su información, etcétera.

Gracias a eminentes científicos como nuestro querido Severo Ochoa, se demostró que la información que está contenida en los genes se traduce en proteínas. Saber qué proteínas hay en cada célula es conocer cómo funciona ésta y cómo se regulan sus genes. Eso nos permite investigar cómo responden las células en determinadas circunstancias de anormalidad; esto es, en situaciones patológicas como en enfermedades generadas por disfunciones o por infecciones por patógenos, en casos de estrés, de envejecimiento, de desarrollo, de nutrición deficiente, y otras. Significa eso que la proteómica nos acerca al verdadero funcionamiento de la célula.

Actualmente, muchas de las investigaciones biológicas dedican cada vez más atención a los estudios proteómicos. En España existen ya varios centros de referencia donde se llevan a cabo estos análisis y eso está propiciando que numerosos grupos de investigación puedan integrarse en el panorama científico internacional. Como en otros campos en los que el progreso de la tecnología permite generar un mayor conocimiento, la inversión en las diferentes subdivisiones de la proteómica favorecería un mejor abordaje de aspectos no sólo puramente científicos, sino de enorme interés aplicado.

Las proteínas sufren cambios una vez que se han sintetizado a partir de los genes. Así, aparecen nuevos términos (abordajes) como fosfoproteómica, que estudia las proteínas que unen fósforo; glicoproteómica, que estudia las unidas a azúcares; degradómica, encargada de analizar cómo se degradan las proteínas, y otras más.

Siguiendo con el símil anterior de los arquitectos/ingenieros, los obreros nada podrían hacer si no hubiera material con el que trabajar. De igual forma, las proteínas no funcionarían si no hubiera metabolitos, o moléculas a las que transformar. La disciplina que estudia los metabolitos de la célula es la metabolómica. Se ha generado, así, un espacio en la biología actual que orbita en torno al concepto ómica, del que no convendría desentenderse en los futuros planes de investigación.

PD: Artículo escrito por José Manuel Palma es investigador científico de la Estación Experimental del Zaidín (CSIC) de Granada y publicado en EL PAÍS.

Investigadores estadounidenses han identificado las 1.116 proteínas que se encuentran en la saliva humana, 1/5 de las cuales también se encuentran en nuestra sangre. El estudio, llevado a cabo por especialistas de 5 universidades, hizo uso de la espectrometría de masas para analizar las muestras de saliva de 23 personas de diferentes razas. Los resultados se compararon con los recientes mapas proteómicos de la sangre y de las lágrimas.

Muchas de las proteínas identificadas tienen implicancias en enfermedades como el Alzheimer, Parkinson, diabetes y algunos tipos de cáncer. Éstas podrían servir de marcadores para desarrollar test basados en muestras salivales, dice Fred Hagen, uno de los científicos responsables del proyecto.

"Vemos un futuro donde el paciente escupa en un tubo, y se busquen en su saliva marcadores moleculares, por ejemplo, de cáncer de mama. Sería muy facil de realizar, incluso podría efectuarlo el paciente en su casa", dijo Hagen.

Ya existen algunos test con anticuerpos basados en muestras salivales, que detectan infecciones con HIV o Hepatitis B. Este mapa del proteoma salival provee cientos de nuevas dianas para diseñar otros tests de diagnóstico similares.

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"HUPO has recently established official journals; on June 2007, "Molecular Cellular Proteomics" became the first official journal endorsed by HUPO. A similar cooperate agreement is being finalized by HUPO and Wiley, the journal "Proteomics" will be the second official journal endorsed by HUPO. A collaborative effort is also being discussed by HUPO and the Journal of Proteome Research."

Per cert, aquesta organització cel·lebrarà properament un dels seus meetings al nostre país

HUPO-PSI (Proteins Standard Iniciative) Spring Meeting 2008, Toledo, Spain, April 23-25, 2008.

Un dels usos més interessants de la proteòmica és l'estudi dels biomarcadors específics de proteïnes per a la diagnosi de certes malalties, com ara l'Alzheimer o el Parkinson, algunes malalties cardiovasculars o alguns tipus de càncers (vegeu: Clinical Proteomic Technologies for Cancer). Avui us volem informar de la disponibilitat en accés obert a tots els números publicats fins ara (vol. 1, 1, 2007-) i a tots els que es publicaran el 2008 de la revista Proteomics - Clinical Applications.

Portal de la revista: Proteomics - Clinical Applications

També us volem destacar alguns dels recursos accessibles des del portal de Proteomics, com ara:

go-Proteomics

Proteomics podcast

Més informació relacionada amb la proteòmica:

Obres sobre proteòmica al catàleg del CRAI

PRIDE: PRoteomics IDEntification database:

Philip Jones, Richard G. Côté, Lennart Martens, et al. PRIDE: a public repository of protein and peptide identifications for the proteomics community , Nucleic Acids Research 2006 34(Database Issue):D659-D663; doi:10.1093/nar/gkj138. <http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/34/suppl_1/D659>

Sociedad Española de Proteómica

I Jornadas Bienales de Proteomica para Jóvenes Investigadores
Sitges, Barcelona, 21-22 de Febrero, 2008
<http://www.cbm.uam.es/seprot/congresos/Jornadas%20Bienales%20Proteomica/Jornadas%20Feb08/Presentaciones_JornadasProteomicas2008.pdf>

Proteored: Nodo 3 (Barcelona)

• O X-meeting estava muito bom, várias palestras e cursos interessantes. Também foi a primeira vez que que passei mais de um dia em São Paulo e também gostei muito da cidade.
• No X-Meeting teve o lançamento de um livro, no caso uma tradução, chamado de "Introdução à Bioinformática". Estou lendo-o e achando muito bom. Os exemplos que o livro dá são casos reais, exercícios interessantes, bem atualizado e tradução muito boa. Lendo *creio* que achei um pequeno errinho, na página 77, o parágrafo "O futuro", última linha: "... em vez de simplesmente imitar seu crescimento ... ", creio que é limitar o crescimento e não imitar. Tirando isso, nota 10 ao livro, editora e tradutores.
• O eclipse é foda! Preciso otimizar um programa meu e para isso gerar e analisar uns profiles. A ferramenta certa para isso é o tptp. Muito bom ele, gera relatórios muito bons! Só uma dica, *não* instale-o usando o update manager do eclipse. O pacote que ele baixa tem erro, uns programas não tem permissão de execução e os links das bibliotecas estão com problema. Então, baixe aqui(ou a versão mais recente) e descompacte. Fácil! Alias, alguém sabe como eu removo um plugin (remover, não desabilitar) sem ser apagando os seus arquivos no diretório plugins?
• O biojava é bom e uma mão na roda para parsers e outras coisinhas, mas vai ser bloat assim na casa do caralho! Deus abençoe o implements do java para poder "refazer" as classes gordas e reaproveitar o resto.
• Por fim, me ajudem! Alguém sabe onde compro um cooler *bom* para pentium 4 HT socket 478? O meu cooler esta ruim e tenho que deixa-lo aberto com um ventilador!

Primeiramente, recomendo a leitura deste texto:
complete notes on Bioinformatic e em conjunto ler   ESSENTIALS OF MOLECULAR GENETICS.
Os títulos são auto explicativos.

Após saber do que se trata a bioinformática, é hora de praticar com o Developing Bioinformatics Computer Skills.

Então é hora de questão mais avançadas como as descritas no livro An Introduction to Computational Biochemistry e no artigo Applying genomics to complex diseases.

Espero ter ajudado... recomendo fazer o download destes arquivos para não correr o risco deles "sumirem".

Pensando nisto, nos dias 29 ao dia 31 de agosto de 2007 ocorrerá em Angra dos Reis o Brazilian Symposium on Bioinformatics ou somente BSB! Evento este voltado à bioinformática, tanto em aplicações como pesquisas computacionais na área.
Mais informações em http://bsb2007.inf.puc-rio.br/.

As funções das proteínas podem ser estruturais, hormônios, defesa do organismo... prometo em breve colocar algum texto sobre as proteínas. Porém, para quem já possui mais familiaridade com o assunto, fui informado de um texto bem completo sobre as técnicas para a predição das funções protéicas. O texto disponível em http://www-users.cs.umn.edu/~kumar/papers/survey.php, apresenta diversas técnicas e meios para a atividade de predição. Ele lembra um livro em preparação e algumas questões, como posicionamento de figuras e layout do texto deixam a desejar. Porém possui um largo e excelente conteúdo e recomendo a sua leitura a todos os estudantes e interessados na área.